Program Studi Ilmu Pemerintahan terbentuk bersamaan dengan pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (STISIP) Muhammadiyah Sinjai pada Tahun 2003 melalui Surat Keputusan Pendirian STISIP Muhammadiyah Sinjai dari Kementerian Menteri Pendidikan Nasional Drektorat Jendral Pendidikan Tinggi dengan Nomor: 54/D/O/2023 tentang Pemberian Izin Penyelenggaraan Program-Program Studi Baru dan Pendirian sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Politik (STISIP) yang di Selenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Muhammadiyah Sinjai di Sinjai pada tanggal 7 Mei 2003 Kemudian pada tahun 2020 STISIP Muhammadiyah Sinjai merger (bergabung) dengan Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian (STIP) Muhammadiyah Sinjai menjadi Universitas Muhammadiyah Sinjai
(UMSi). STISIP Muhammadiyah Sinjai kemudian menjadi salah satu fakultas di Universitas Muhammadiyah Sinjai (UMSi), yakni Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Prodi Ilmu Pemerintahan tergabung dalam pada Fakultas tersebut.